Risiken der Operation: Es gibt allgemeine, von der Operationstechnik unabhängige Risiken. Insbesondere bei Vorerkrankungen des Patienten kann das Risiko erhöht sein. Dazu gehören v.a. Herzerkrankungen, Schlaganfälle oder Lungenerkrankungen. Eine notwendige Einnahme von Blutverdünnern, z.B. Marcumar, kann das Blutungsrisiko erhöhen. Wenn bereits Operationen in der Bauchhöhle durchgeführt wurden, können entsprechende Verwachsungen eine Operation in laparoskopischer Technik evtl. erschweren oder sogar unmöglich machen. In diesen Fällen wird die Operation offen durchgeführt.
Jede Narkose hat geringe, eigene (von der Operation unabhängige) Risiken. Je nach individuellem Risiko des Patienten wird der Anästhesist ggf. während der Operation eine erweiterte Überwachung des Patienten veranlassen.
Jede Operation kann prinzipiell zu Blutungen oder Nachblutungen führen. Ferner kann es zu Infektionen (Entzündungen) im Operationsgebiet oder im Bereich der Wunde kommen. Als Spätfolge können Verwachsungen in der Bauchhöhle mit entsprechenden Beschwerden auftreten, und es kann zu einem Narbenbruch kommen.
Spezielle Risiken der Operation betreffen vor allem die Nahtverbindung (Anastomose) zwischen Dünndarm-Pouch und Analkanal. Eine Undichtigkeit dieser Nahtverbindung kann zu schweren Infektionen im Becken und ggf. auch in der Bauchhöhle führen, die häufig mehrfache Wiederholungsoperationen notwendig machen. Solche Komplikationen bergen das Risiko eines Verlustes des Pouches mit dann notwendigem, endgültigem künstlichen Darmausgang. Durch die heute übliche Anlage eines vorübergehenden schützenden Dünndarm-Anus praeter kann das Risiko dieser schweren Komplikationen deutlich gesenkt werden.
Durch die Operation im kleinen Becken kann es in seltenen Fällen zu einer Schädigung der Nerven kommen, die die Blasen- und Sexualfunktion kontrollieren, was zu entsprechenden Funktionsstörungen führen kann. Nach einer Pouch-Operation ist die Wahrscheinlichkeit, schwanger zu werden, reduziert.