Lediglich eine lebensbedrohliche Zusatzerkrankung würde die Operation verhindern. Bei einem ansonsten gesunden Kind besteht kein erhöhtes Narkoserisiko. Der Narkosearzt muss aufgrund der Magenentleerungsstörung – bei Einleitung der Narkose – auf ein mögliches Erbrechen vorbereitet sein. Dem kann durch Legen einer nasogastralen Sonde, die nur kurz verbleibt, vorgebeugt werden.
Außer den allgemeinen Operationsrisiken wie Infektion, Blutung, Verletzung von Gefäßen etc. besteht im Speziellen die Gefahr der Verletzung des Zwölffingerdarms am Übergang von der verdickten Pylorusmuskulatur zur normalen Darmmuskulatur. Kommt es hier zur Eröffnung der Schleimhaut, so muss der Defekt mit einem dünnen Faden vernäht werden. Zur Sicherheit kann die Stelle ggf. mit einem Teil des großen Netzes gedeckt werden. Postoperativ kann der Nahrungsaufbau genauso durchgeführt werden wie ohne Schleimhautperforation.